Preussen hatte nach dem 15. Dezember 1805 einen Bündnisvertrag mit Frankreich geschlossen und das mit Grossbritannien durch Personalunion verbundene Kurfürstentum Hannover zugesichert erhalten. Im März 1806 besetzte es Hannover und sperrte auf Druck Napoleons alle Häfen für den britischen Handel.

Napoleons Angebot, Hannover als Preis für einen Frieden an Grossbritannien zurückzugeben, führte zur preussischen Mobilmachung und schliesslich am 9.Oktober 1806 zur Kriegserklärung an Frankreich. Preussen wurde von Russland, Sachsen, Sachsen-Weimar, Braunschweig und Hannover unterstützt. Die vom Herzog von Braunschweig geführte preussisch-sächsische Armee (150.000 Mann) marschierte schwerfällig südlich des Thüringer-Waldes auf. Napoleon zog französische und Rheinbundtruppen (200.000 Mann) am oberen Main zusammen und stiess Anfang Oktober rasch nach Norden vor. Nach den ersten verlorenen Gefechten (9. Oktober bei Schleiz, 10. Oktober bei Saalfeld) wurde preussischerseits jeder Offensivgedanke aufgegeben. Die Kriegsentscheidung fiel am 14. Oktober 1806 in der Doppelschlacht von Jena und Auerstädt, in der das preussische Heer eine vernichtende Niederlage erlitt.

Während die geschlagenen Truppen bei Prenzlau (28.Oktober) und Lübeck (7. November) kapitulierten, ergab sich kampflos eine preussische Festung nach der anderen. Die Verteidigung von Kolberg 1807 gehörte zu den rühmlichen Ausnahmen. Binnen kurzem war ganz Norddeutschland in französischer Hand. Am 27. Oktober 1806 zog Napoleon in Berlin ein und dekretierte von hier aus am 21.November die Kontinentalsperre gegen Grossbritannien. Ende 1806 schloss er Frieden mit Sachsen, das dem Rheinbund beitrat und ein Hilfskorps von 6.000 Mann gegen Preussen stellte.

Den Zusammenbruch des feudal-absolutistischen Staates konnte auch die russische Armee nicht aufhalten, die Ende Oktober in Preussen einrückte. Gemeinsam mit schwachen preussischen Kräften hielt sie jedoch in der Schlacht bei Preussisch-Eylau 18O7 (7.-8. Februar) gegen die französische Armee stand. Erstmals verliess Napoleon das Schlachtfeld nicht als Sieger. Obwohl sich Russland und Preussen im Bündnisvertrag von Bartenstein (26. April) zur Fortsetzung des Krieges verpflichteten, wurde nach der russischen Niederlage am 14. Juni bei Friedland ein Waffenstillstand geschlossen. Der 4. Koalitionskrieg endete mit den Friedensverträgen von Tilsit zwischen Frankreich und Russland vom 7. Juli sowie zwischen Frankreich und Preussen vom 9. Juli, ergänzt durch die Konvention von Königsberg vom 12. Juli 1807 und die Pariser Konvention von 1808. Preussen verlor über die Hälfte seines Gebietes, bewahrte jedoch unter dem Zwang der bedrückenden Verträge seine Selbständigkeit. Tilsit markierte den Höhepunkt der französischen Vorherrschaft in Europa. Während Napoleons Kriegsziele abenteuerliche Ausmasse annahmen, erstarrten seine Kriegskunst und Führungsmethoden zur Routine. Kampfkraft und Moral des französischen Heeres, in dem der Anteil fremder Truppen wuchs, begannen zu sinken. Napoleons Gegner aber lernten zunehmend, die neue Kriegskunst anzuwenden.