Der von Grossbritannien mit Waffen und Truppen unterstützte spanische Volkskrieg (Guerillakrieg) gegen die französische Fremdherrschaft sowie die Bedrohung seines Besitzstandes veranlassten Österreich seit dem Sommer 1808 gegen Frankreich zu rüsten. Die nach 1805 eingeleiteten Militärreformen, insbesondere die Errichtung einer Landwehr, hatten Österreich militärisch gestärkt. Sein antinapoleonischer Kampf fand in Norddeutschland lebhaften Widerhall und löste mehrere nationale Erhebungen aus.

Die mit der Kriegserklärung an Frankreich (9.4.1809) verbundene Hoffnung auf preussische Hilfe erfüllte sich nicht. Österreich erhielt nur geringe britische Unterstützung. Russland erklärte ihm am 5.5. sogar den Krieg.

Die Österreichischen Hauptkräfte unter Erzherzog Karl drangen seit 10.4. aus Böhmen nach Bayern vor. Ihr langsamer Aufmarsch ermöglichte es Napoleon, die in Süddeutschland getrennt stehenden französischen und Rheinbundtruppen zu konzentrieren. Die Österreicher wurden am 20.4. südlich Regensburg in mehreren Gefechten (Schlacht von Abensberg) und am 22.4. bei Eggmühl geschlagen. Die strategische Initiative ging an die napoleonische Armee über, die Wien am 13.5. kampflos besetzte.

Ihr Versuch, mit 110.000 Mann die Donau zu überschreiten, scheiterte jedoch bei Aspern (21./22.5.). Es war ihre erste Niederlage in einer offenen Feldschlacht. Da das Österreichische Oberkommando den Erfolg nicht ausnutzte, konnte Napoleon seine Kräfte verstärken und durch den Sieg bei Wagram (5./6.7.) Den Donauübergang erzwingen. Obwohl Österreich noch über bedeutende Reserven verfügte, schloss es aus Furcht vor einem militärischen Zusammenbruch und einem revolutionären Volkskrieg am 12.7.1809 den Waffenstillstand von Znaim.

Damit wurde auch der von AndreasHofer (1767-1810) geführte Freiheitskampf der Tiroler gegen das bayrische Okkupationsregime verraten. Er begann bei Kriegsausbruch, wurde aber von den Österreichischen Truppen nur mangelhaft unterstützt. Die unzureichend bewaffneten und in Schützen- und Landsturmeinheiten organisierten Tiroler siegten in 3 Schlachten am BergIsel (11.-13.4., 25.-29.5., 13.8.) gegen bayrisch-französische Truppen. Dem konzentrischen Angriff überlegener Kräfte, der Mitte Oktober begann. vermochten sie jedoch nicht mehr standzuhalten (1.-4.11. vierte Schlacht am Berg Isel). Bis Ende 1809 wurde Tirol unterworfen und wieder Bayern angegliedert.

Der 5. Koalitionskrieg war am 14.10.1809 mit dem Frieden von Schönbrunn beendet worden. Auch der Sieg über Österreich, das sich in der Folge mit Napoleon